En su carácter de "comandante en jefe" de las fuerzas armadas, cargo inherente al presidente de la república, mantuvo en el cargo al máximo jefe castrense, el comandante de las fuerzas militares, general de ejército Benicio Melgarejo.
Para muchos analistas, los cambios impulsados por Franco pretende consolidar el poder de los golpistas en el ejército, una importante institución a la hora de preservar el poder en la nación, y limpiar las fuerzas castrense de posibles simpatizantes de Fernando Lugo.
(Con información de ANSA)